W sezonie 2016/2017 Małopolska Liga Juniorów Młodszych składa się z trzech faz. Najpierw 20 drużyn podzielonych zostało na dwie grupy, gdzie systemem "każdy z każdym" rozegrano 9 kolejek. To pozwoliło wyłonić 10 najlepszych drużyn (grupa 1-10) i kolejnych 10 zespołów z miejsc 11-20, które rozegrały także jedną rundę. Po rundzie jesiennej pierwsza Akademia 21 Kraków i druga Cracovia awansowały do Ligi Makroregionalnej, a pozostałe 18 podzielono na trzy grupy po 6 drużyn: mistrzowską i równorzędne dwie spadkowe. W niedzielę, 21 maja, rozgrywki grupowe zostały zakończone, ale sezon dla juniorów młodszych się nie zakończył. W ostatni weekend rozpoczęła się rozgrywka o poszczególne miejsca systemem pucharowym.

  I runda o miejsca 1-4: 

* Hutnik Kraków - TS Wisła Kraków 1-1; rewanż 31.05.2017, godz. 14:30 (boisko przy ul. Reymonta 22)

* TS Wisła 2001 Kraków - AS Progres 2000 Kraków 1-0; rewanż 2.06.2017, godz. 15:30 (boisko Com-Com Zone)

Zwycięzcy dwumeczów grają w II rundzie o miejsca 1-2, przegrani o miejsca 3-4 (10 lub 11 czerwca i 17 lub 18 czerwca)

  O miejsca 5-8: 

* Dunajec Nowy Sącz - Sandecja Nowy Sącz 0-0; rewanż 3.06.2017, godz. 10:00 na boisku Sandecji

* Soła Oświęcim - Unia Tarnów 0-4; rewanż 3.06.2017, godz. 10:00 w Tarnowie

Zwycięzcy dwumeczów grają o miejsca 5-6, przegrani o miejsca 7-8 (10 lub 11 czerwca i 17 lub 18 czerwca)

  O miejsca 9-12: 

* Fablok Chrzanów - Garbarnia Kraków 0-4; rewanż 3.06.2017, godz. 10:00 (boisko Garbarni ze sztuczną trawą, ul Rydlówka 23)

* Dunajec Ostrowsko - Tarnovia 1-1; rewanż 1.06.2017, godz. 15:00 (boisko Tarnovii)

Zwycięzcy dwumeczów grają o miejsca 9-10, przegrani o miejsca 11-12 (10 lub 11 czerwca i 17 lub 18 czerwca)

  O miejsca 13-16: 

* AP Profi Zielonki - BKS Bochnia 5-0; rewanż 4.06.2017, godz. 11:00 (boisko w Bochni przy ul. Parkowej 3)

* Bruk-Bet Termalica Nieciecza - AS Progres 2001 Kraków 0-2; rewanż 1.06.2017 godz. 17:30 (boisko Com-Com Zone)

Zwycięzcy dwumeczów grają o miejsca 13-14, przegrani o spadkowe miejsca 15-16 (10 lub 11 czerwca i 17 lub 18 czerwca)

 O miejsca 17-18 (11 czerwca i 17 lub 18 czerwca): 

Dalin Myślenice - MKS SMS Kraków 11.06.2017, godz. 15:00 (boisko Dalinu)

(mecz i rewanż; obie drużyny spadają)

(ST)